Din 28 august, serviciul de check-in la aeroport este gratuit, indiferent de ruta pe care calatoriti (nu se vor percepe taxe pentru check-in).
In continuare pasagerii pot efectua check-in online, daca este disponibil, si apoi pot prezenta la aeroport cartea de imbarcare tiparita. Daca se calatoreste doar cu bagaj de cabina, pasagerii Blue Air se pot prezenta cu boarding pass-ul direct la poarta de imbarcare, cu 60 de minute inainte de decolare. Ghiseele de check-in din Aeroportul International Henri Coanda (Otopeni) se deschid cu 3 ore si 30 de minute inainte de ora de decolare, pentru a fluidiza traficul si activitatea din cadrul aeroportului OTP. Nu sunt ghisee dedicate pentru un singur zbor, astfel ca se poate merge la oricare dintre ghiseele de check-in Blue Air.