Din 4 septembrie 2012 Turkish Airlines va lansa ruta Istanbul-Djibouti-Mogadishu, care va fi operată cu Airbus-uri A320.
Zborurile vor fi efectuate de două ori săptămânal. Cursele spre Mogadishu vor avea loc prin Djibouti, în loc de Khartoum. Programul este următorul:
TK686 IST 2325 – 0440+1 JIB 0530+1 – 0705+1 MGQ 320 (marți, joi)
TK687 MGQ 0830 – 1005 JIB 1055 – 1600 IST 320 (miercuri, vineri)